Strelka全外显子组肿瘤分析实战

前言

肿瘤somaticSNP/Indel有多款软件可以使用，如Strelka（主要为临床开发），Mutect2和Varscan2，据说Strelka是最好的一款，姑且人云亦云一次。本教程对Strelka使用过程进行了叙述，希望对大家有所帮助。由于Mutect2是GATK4somaticpipeline的一部分，所以近期还会发布Mutect2的实战教程。下面开始正文。

既然是肿瘤分析，就需要肿瘤样本和配对样本，怎么从fq文件处理成bam文件可参见我的上一篇文章，下面内容除了callsomaticmutation，其他部分均只列脚本，不进行详细描述。

软件

除了Strelka，还需要Manta。两款软件使用都很简单，无需安装，即下即用。







































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