肿瘤配对样本用varscan做cnv分
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VarScanv2.2.4以及更新的版本里面添加了这个分析，主要是针对matchedtumor-normalpairs的WES数据来进行分析，得到的是肿瘤测序数据相当于其正常组织测序结果的拷贝数变化情况。输出文件是经典的chromosome,start,stop,andlog-base-2ofthecopynumberchange与拷贝数芯片输出结果类似，所以这个结果可以被bioconductor的DNAcopy包来进行segment算法处理。
详细用法见：
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